대한민국의 군내 방첩업무 및 군인과 군사기밀에 대한 보안 감시를 했던 국방부 직할부대. 사령관은 육군 중장이다. 본래 국군서울지구병원과 함께 종로구 소격동에 있었으나 2008년 경기도 과천시로 이전했다.
이전 명칭이었던 국군보안사령부에서 1991년에 국군기무사령부라는 명칭으로 바뀌었다. 전혀 관련이 없지만 이전에 국방부에는 제3국과 제4국이라는 수사기관이 있었으나 훗날 해체되었다. 북한에는 대한민국의 기무사와 비슷한 역할을 하는 조직인 보위국이 있다. 정보기관의 일종이므로 보안 문제에 민감하다. 군인사법 시행령 제25조의2 제1항 제1호와 별표 1에는 사령관과 사령부 참모장이 임기제 진급 자리로 규정되어 있고, 육군의 몫으로 지정되어 있다. 더해서 몇 개 기무부대의 장 직위도 임기제 진급 보직으로 규정되어 있고 각군별로 자리가 할당되어 있다. 1337(방첩신고) 전화는 24시간 이용이 가능하다.
2018년 9월 1일에 문재인 정부에 의해 군사안보지원사령부로 격하되었다가 4년만인 2022년 11월 1일 기무사의 후신이라 할 수 있는 국군방첩사령부가 창설되었다.
육군의 방첩부대는 6.25 전쟁 당시 육군특무부대란 명칭으로 창설되어 이후 육군방첩부대 → 육군보안사령부 순으로 명칭이 바뀌었다.[4] 해군의 방첩부대는 해군방첩부대로 창설되어 해군보안부대로 변경되었고, 1973년 해병대의 해병보안부대를 흡수하였다. 공군의 방첩부대는 제20특무전대 예하의 대공수사부대인 26특수수사대였고 1977년 육·해·공군의 방첩부대를 통합해 국군보안사령부를 창설하였지만 국군보안사령부 민간인 사찰 폭로 사건으로 인해 국군기무사령부로 명칭이 바뀌었다.
미군정 시절의 미합중국 육군 제24군단 CIC를 모델로 하였다. 일본 관동군 헌병 소속으로서 불과 2년 사이에 무려 50여 개의 항일 조직[5]을 적발해 죽인 친일반민족행위자이자 보도연맹 학살사건을 주도한 악질 김창룡이 역대 기무사령관에 들어가 있다. 김창룡은 여수·순천 10.19 사건이 일어나자 정보과에서 핵심적인 역할을 하였다.
창설 당시부터 지금까지 한국군 내부에서 막강한 영향력을 가지고 있으며 1960년대~80년대로 이어지는 군사정부 시기에는 군 외부에 대한 영향력도 상당했다. 이는 본래 군 내부 및 군 관련 사항에 엄격히 제한되어야 할 수사권을 포괄적으로 적용한 결과였다. 군사정부 시절 보안사령관은 정기적으로 대통령과 독대 직접 보고를 하였다. 국방부 직할부대임에도 국방장관도 못 건드리는 위치였다. 정보기관 중 권력 1위에 속하는 중앙정보부만이 보안사령부를 견제하였다.
그러나, 10.26 사건 직후 전두환 보안사령관이 계엄사령부 합동수사본부장으로서 중앙정보부장 서리까지 겸임하면서 국내의 모든 정보를 통제하게 된다.[6] 결국 전두환과 하나회를 아무도 막을 수 없게 되었다. 전두환을 위시한 하나회 세력은 그 영향력을 활용하여 권력을 탈취하게 된다. 당시 보안사령부의 정보력과 수사, 연행권이 박정희 대통령 서거 이후 이들이 상황을 주도하는 데 결정적 역할을 했다. 언론통폐합 및 언론인 강제해직(K-공작계획), 야당인사 정치활동규제, 민정당 창당 심지어 국회의원선거 공천까지 보안사령부에서 주도했다. 1980년대 이후에도 야당 정치인사, 재야인사, 학생운동, 노동운동 등에 대한 민간인 사찰을 계속해 왔다. 녹화사업 역시 보안사령부의 작품이다.
민주화 이후에도 공작을 이어가던 중 1990년 윤석양 이병의 양심선언으로 언론에 폭로되는데, 이것이 국군보안사령부 민간인 사찰 폭로 사건이다. 당시 폭로된 사찰 대상 명단이 무려 1,300여 명이다. 심지어 당시 집권당 대표였던 김영삼도 있었다. 1991년 국군기무사령부로 명칭을 바꾼 것도 이러한 부정적 이미지를 개선하려는 노력의 일환이었다. 사실 '기무(機務)'라는 명칭이 기존 이름인 '보안(保安)'보다 잘 사용되지 않는 용어라 모르는 사람들은 이곳이 당최 무슨 부대인지 알 수가 없다. 사전적으로 '기무(機務)'는 두 가지 의미가 있는데, '근본이 되는 중요한 일'이라는 의미와 '기밀을 유지해야 하는 일'이라는 의미가 있다. 기무사령부의 '기무'는 후자, 즉 '기밀 임무'의 줄임말이다.[7] 그러나 기무학교에서는 고종황제의 특별기관인 '통리기무아문'의 '기무'에서 이름을 따왔다고 가르친다.
군 내부를 대상으로 상당히 많은 기밀 정보를 수집하고 활용하는 만큼 기무사 소속 장교와 부사관은 계급이 낮더라도 절대 함부로 대하지 못한다. 특히 기무부대 상사라면 대대장도 함부로 대하지 못한다. 상사의 경우 대령까지 독자적으로 조사할 수 있기 때문이다. 만약 기무사령부 상사에게 밉보였다가 마음 먹고 조사에 들어가면 털어서 먼지 안 나는 사람 없다고 꼬투리 잡혀서 불이익이 생길 가능성이 크다. 그래서 계급이 높더라도 기무사령부 소속 군인들은 병사조차도 웬만해서는 절대 건드리지 않는다.
2017년 계엄령 문건 작성 논란 이후 더불어민주당과 참여연대 등 진영에서 대대적인 개혁 혹은 해체 의견이 높아졌고 2018년 8월 3일 계엄 문건과 관련된 인사들의 원대 복귀 명령[8]이 떨어지고 남영신 기무사령관이 임명되어 해편 임무를 맡았다. 해편 후에는 신설부대인 군사안보지원사령부로 업무가 이관되었다.[9]
2022년 정권이 교체되자 이번에는 국군기무사령부(기무사·해편 격하 후 군사안보지원사령부) 관련 2급 기밀 문건을 유출하고 문건 내용을 실제와 다르게 의도적으로 왜곡해 증언한 혐의 등으로 송영무 전 국방부 장관, 이석구 전 기무사령관, 임태훈 군인권센터 소장 등 3명이 대검찰청에 고발되었다. 2018년 8월 문 전 대통령 지시로 출범한 민군 합동수사단에서 3개월간 참고인 287명을 조사하고, 90여곳을 압수수색했으나 쿠데타 모의 혐의와 관련된 증거를 찾지 못했고 이에 따라 정치적인 이유로 해체된 거 아니냐는 의견이 점차 올라오는 중이다.